تأسست كلية العلوم كأحد كليات جامعة عمر المختار في العام الجامعي 1989-1990 مبتدئة بالأقسام التالية : قسم الرياضيات والفيزياء ,قسم الأحياء ,وقسم الكيمياء , ولكن لمواكبة العصر ولما تقتضيه مصلحة البلاد وتلبية لطموحات رجالات العلم بهذا الصرح العلمي مرت الكلية بمراحل من التطور وذلك وفق توافر الإمكانيات ففي العام 1995- 1996 تم إضافة تخصص الحاسوب ضمن قسم الرياضيات والفيزياء ليصبح أسمه قسم الرياضيات والفيزياء والحاسوب.
في العام الدراسي 1999- 2000 تم دمج كليتي العلوم والآداب ليصبح أسم الكلية هو كلية العلوم والآداب وأنفصل قسم الحاسوب عن الرياضيات والفيزياء .
تم فصل كليتي العلوم والآداب عام 2000- 2001 .
استحدث قسم الجيولوجيا عام 2002- 2003.
في العام 2005- 2006 تم فصل علم النبات عن علم الحيوان في قسم الأحياء ليكوّنا قسمين منفصلين
وفي عام 2012 تم استحداث قسم علم الأحياء الدقيقة لتصبح أقسام الكلية كالأتي:
1) قسم الرياضيات   
2) قسم الفيزياء   
3) قسم الكيمياء
4) قسم علم الحيوان
5) قسم علم النبات
6) قسم الحاسوب
7) قسم الجيولوجيا
8) قسم الأحياء الدقيقة.
ومنذ تأسيسها أخذ العاملون بها علي عاتقهم بناء وتطوير الكلية لتواكب النهضة العلمية العالمية, وكان تطوير مقررات الأقسام في مراحل متعددة أحد أبرز معالم هذا التطور و الذي تكلل بالاستعداد التام لتطبيق نظام الفصل الدراسي المفتوح ابتدأ من العام الدراسي 2012-2013.
نظام الدراسة ومدة الدراسة:
الكلية تطبق نظام السنة وهو نظام دراسي يدرس به الطالب جميع المقررات خلال أربعة سنوات, وتسعى الكلية لتطبيق نظام الفصل الدراسي المفتوح والتي يدرس به الطالب جميع المقررات وفق نظام الوحدات الدراسية (130 - 140وحدة) مما يتيح له إنهاء الدراسة خلال الفترة من 6 إلى 12 فصلاً (3- 6 سنوات) كحد أقصى , ناهيك عن مميزات الدراسة الآخرة من تعدد المقررات وقصر مدة الدراسة وغيرها.
الدرجات العلمية التي تمنحها الكلية:
  تمنح الكلية درجة البكالوريوس في جميع التخصصات المذكورة آنفاً وتمنح درجة الماجستير في التخصصات ( الفيزياء – الكيمياء –علم الحيوان – علم النبات), وتسعى الكلية لمنح درجة الماجستير في جميع التخصصات في القريب المنظور, كما أنها تتطلع لمنح درجة الدكتوراه مستقبلاً.

أعداد الطلبة بالكلية خلال السنوات الماضية

عمداء الكلية منذ تأسيسها:
1) د. محمد العوشار
2) د. فرج سعيد .. رحمه الله
3) د. فتحي المسماري
4) د. إبراهيم صقر
5) د. افضيل العوامي
6) أ.د. فوزي عبد الكريم أكريم
7) د. عبدالسلام بوحويش حمد
8) د. رمضان عطية صالح
مسجلو الكلية:
1) أ. محمد خالد .. رحمه الله
2) أ. عبدالباسط حمد بونعيجه
3) أ. عمران سعد عطية
4) أ. محمد بوراوي
5) أ. فضل القبائلي
6) أ. عبد الحميد مؤمن
7) أ. علي عبدالونيس الدعيسي
8) أ. عبد الحميد مؤمن
الأمناء الإداريون بالكلية:
1) أ. سعد بوسيف
2) أ. عمر العقوري.

رسالة الكلية

تسعى كلية العلوم جامعة عمر المختار إلى التميز في التعليم بتقديم برامج تعليمية في العلوم الأساسية تُمكن الطالب من اكتساب المعارف الأساسية والمتقدمة من المهارات اللازمة للمنافسة كمهنيين أو كخريجين في سوق العمل.

كما تهدف الكلية إلى الارتقاء بكفاءة أعضاء هيئة التدريس وإجراء البحوث والدراسات العلمية لبناء قاعدة بحثية تكنولوجية كأحد متطلبات النهوض بالمجتمع وخدمته وحل مشاكله ،كمؤسسة قومية تسعى الكلية إلى المساهمة في تنمية وخدمة المجتمع على مستوى منطقة الجبل الأخضر وأيضاً على المستوى القومي والإقليمي.

أهداف الكلية

1-إعداد خطط وبرامج دراسية في شتى العلوم الأساسية مسايرة للمعايير العالمية ومتوافقة مع رسالة الكلية والجامعة

2- تخريج أجيال مؤهلة في مختلف العلوم الأساسية تفي باحتياجات المجتمع ويُناط بها الإسهام في دفع عجلة التقدم والرقي بالجماهيرية في كافة القطاعات.

3- تحديد المتطلبات الحقيقية للمجتمع وسوق العمل وجعلها نقطة للانطلاق الناجح والمتميز لتطوير البرامج الدراسية التي تعد خريج يفي بهذه المتطلبات على المستوى المحلي والدولي.

4- تطوير واستثمار مجال البحث العلمي بالاعتماد على الباحثين المتميزون  وإنشاء القواعد البحثية المتطورة والقادرة على ملاحقة التطور السريع والمنهل في شتى العلوم الأساسية .

5- العمل على تحقيق متطلبات الاعتماد الأكاديمي كأحد أهم أهداف الكلية.

6-تسعى الكلية كي تكون مؤسسة ذات نظم إدارية جيدة تتوافق مع المعايير المرجعية المنشودة لممارسة الأداء الجيد، وذلك من خلال تطوير نظامها الإداري الذي يتميز بالمرونة والشفافية .

رؤية الكلية

تلتزم كلية العلوم بالمداومة على التميز في إبداع ونشر المعرفة في العلوم الأساسية  والتطبيقية واستناداً إلى هذه الرؤية ،سيتم توفير بيئة ، فيها يتعاون الطلاب وأعضاء هيئة التدريس في التعليم والتعلم وكذلك البحث بما يسمح لهم بالعمل معاً  كأعضاء مسئولين ومشاركين في تنمية المجتمع . تسعى كلية العلوم جامعة عمر المختار للانطلاق نحو تكوين قاعدة علمية  متميزة تفي بمتطلبات المعايير الأكاديمية العالمية ، قادرة على إفراز خريج منافس في سوق العمل وملاحقة التطور المذهل في مجال البحث العلمي والتكنولوجيا .بالإضافة إلى نشر ثقافة الإبداع في مجال العلوم الأساسية والانفتاح على متطلبات المجتمع وسد احتياجاته للوصول بالكلية للإنفراد بشخصية علمية متميزة قادرة على الوفاء بمتطلبات الاعتماد الأكاديمي